تتكون إدارة المعهد من عدة مصالح انطلاقا من مدير المعهد السيد مجيدي محمد ثم أمانته وررئيس المجلس العلمي، لتليه مجموعة من الفروع الأساسية في المعهد ملخصة في الهيكل التالي:
المدير المساعد المكلف بالدراسات وشؤون الطلبة هو بدوره يعمل معه عدة مصالح تابعة له:
أما المدير المكلف بما بعد التدرج والبحث العلمي والعلاقات الخارجية فيشمل الأقسام التالية:
أما المدير الفرعي فله حصة الأسد من الفروع والمصالح متمثلة فيما يلي:
